În limita plafonului, companiile primesc sau cumpără certificate de emisii* pe care apoi le pot schimba între ele, după cum este necesar. Înainte de 2021, ele ar putea utiliza, de asemenea, sume limitate de credite internaționale din proiecte de economisire a emisiilor, din întreaga lume, pentru respectarea sistemului. Limita pentru numărul total de certificate disponibile asigură păstrarea valorii lor.
În fiecare an, o companie trebuie să predea suficiente certificate pentru a-și acoperi toate emisiile, altfel acestora li se aplică amenzi substanțiale. Dacă o companie își reduce emisiile, poate păstra indemnizațiile de rezervă pentru a-și acoperi nevoile viitoare sau le poate vinde altei companii care nu are certificate.